pandoc -> markdownでアスタリスク（*）を使うと「! Undefined control sequence. l. \tightlist」というエラーになる
この記事で解決
Pandoc1.4以降でMarkdownをTexにするとエラーになる - Qiita
* hoge
のようなものをpandoc -> markdownで変換したかったら
markdown -> latex にコンバートされたものに
\def\tightlist{\itemsep1pt\parskip0pt\parsep0pt}
を入れればOK
テンプレートのtexに追加しといた。
PandocでMarkdown -> latex に変換するときにローカル環境にある画像を挿入する方法
以下のように挿入する
なぜか絶対パス( ~/test.png )では挿入できなかった
/Users/name/test.png の形に展開するとできた
~ （チルダ）をpandocが変換してくれないらしい
画像が上の位置にきてしまう
ページ上部に挿入した画像がきてしまうのでわかりにくい
ググるとpandoc のコンパイルオプションに-f markdown-implicit_figuresをつければいいらしい
pandoc -f markdown-implicit_figures --filter pandoc-citeproc --bibliography=report.bib -M linkReferences --top-level-division=chapter $mdfile -o test.tex
BioChem-Station ( バイオケムステーション 、バイオケムステ）について
ホームページはこちら
ホームページの作成方法
dillingerでmarkdown -> html にしたのを、
Online Markdown Editor - Dillinger, the Last Markdown Editor ever.
000webhostapp という無料サーバーで公開。
Free Web Hosting - Host a Website for Free with Cpanel, PHP
ドメインbiochem-station.gaはfreenomで契約した。
なぜBioChem-Station ( バイオケムステーション 、バイオケムステ）を作ろうと思ったのか
ケムステーションの生物関連の記事が少ないため。
Chem-Station (ケムステ) | 化学ポータルサイト
本当はケムステーションみたいな綺麗なポータルサイトにしたかった。 暇な時にスフィンクスなどを用いて実装してGithubで管理したい。
「cite2c」によりJupyter notebookでcitationを楽に行いbibliographyも自動で生成する
jupyterでグラフを楽に書きながら引用も楽に行いたい
インストール方法
GitHub - takluyver/cite2c: Citations in the Jupyter Notebook
を参照
python3 -m pip install cite2c python3 -m cite2c.install
Zoteroもインストールする
Zotero | Your personal research assistant
オンラインで同期設定をすればcite2cで見れるはず。
ちなみにjupyterlabには未対応らしい
macのvimでmarkdownを書いてLaTeXを経由して「論文」の注釈・引用・bibliographyつきのpdfを生成する
できるようになること
chromeでワンクリックで論文保存→執筆時に楽に挿入、bibliographyも自動作成
(大学の授業のレポートの引用文献を書くのがだるかったためやってみた)
手順
Tex環境の整備
brew cask install mactex
vim環境の整備
Zotero（文献管理してくれるGUIツール）のインストール
Zotero | Your personal research assistant
Downloadボタンを押し、インストール。
Chrome拡張もインストールすると、押すだけで論文を保存できるので便利。
citation.vimをインストール
GitHub - rafaqz/citation.vim: Zotero and bibtex citations for Vim
vimで引用アシストしてくれるツール。
- こんな感じに論文の候補が出てきて、選択するとkeyを挿入できる。コンパイルするとkeyは引用になり、(名前、年代)文章の最後にbibliographyが挿入される。
Unite.vimをインストールしていなかったので、これもインストールした。(Denite.vimには非対応らしい。)
GitHub - Shougo/unite.vim: Unite and create user interfaces
volt get rafaqz/citation.vim volt get Shougo/unite.vim
zoteroの設定
さっきインストールしたZoteroが自動でbibファイル（citation.vimが引用するのに参照するもの）を生成するようにbetter-bibtexをインストールする。
- 以下のurlから入ってインストール。
Release v5.2.22 · retorquere/zotero-better-bibtex · GitHub
zoteroを起動し、バーの「ツール」→「アドオン」でzotero-better-bibtexを選びインストール。
その後、バーの「Zotero」→「Better Bibtex」→「automatix Export」でautomatix exportの項目を「on charge」にする。
また、その下の項目でbibファイルを保存するディレクトリを選ぶ。
これで自動でbibファイルが生成される。
作成したbibファイルをvimrcでcitation.vimに認識されるよう指定する。（ここでは~/Desktop/report.bibを指定する）(.vimrcに追記)
let g:citation_vim_bibtex_file="~/Desktop/report.bib"
また、zoteroのディレクトリ位置を指定する。(.vimrcに追記)
let g:citation_vim_cache_path='~/.cache' let g:citation_vim_mode="zotero" let g:citation_vim_zotero_path="~/Zotero"
最後にuniteのプレフィクスを指定する。これで「space」+「u」で先ほどの画像のような引用文が出てきて、選択して挿入できる。(.vimrcに追記)
let mapleader = "\<Space>" nnoremap <Leader>o :CtrlP<CR> nnoremap <Leader>w :w<CR> nnoremap <leader>f :<C-u>Unite file<CR> nnoremap <leader>u :<C-u>Unite citation/key<CR>
あとはpdf作成を自動化できるようにlatexのテンプレートとスクリプトを書く。
- テンプレート
ほとんど
からの引用です
\documentclass[a4paper, uplatex, dvipdfmx]{jsreport}
\usepackage{amsmath,amssymb}
\usepackage[includeheadfoot,top=10truemm,bottom=10truemm, right=10truemm,left=10truemm]{geometry} % 余白を指定されている場合は geometry パッケージで調整
\usepackage{graphicx,color}
\usepackage{hyperref} % 目次や図表番号に対してハイパーリンクを生成。hidelinks で PDF のハイパーリンクの枠を消す（参考: http://0-chromosome.hatenablog.jp/e ntry/2015/04/10/175912 ）
\usepackage{pxjahyper} % ハイパーリンクに日本語が含まれる場合に必要
\usepackage{longtable} % 表組みに必要
\usepackage{booktabs} % 表組みに必要
\usepackage{subfig} % 図の横並び表示に必要
\usepackage[backend=biber]{biblatex}
\addbibresource{~/Desktop/report.bib}
\nocite{*}
\newenvironment{cslreferences}%
{}%
{\par}
\title{@@@@@} % タイトルなどはハードコーディングする必要あり
\author{著者}
\begin{document}
\maketitle
\input{testt} % ここに Pandoc で出力された LaTeX ファイルを挿入する
% \printbibliography[title=参考文献]
\end{document}
mdfile=$1 reportname=$2 outputfilename=$3 pandoc --filter pandoc-citeproc --bibliography=report.bib -M linkReferences --top-level-division=chapter $mdfile -o testt.tex sed "s:@@@@@:$reportname:g" report.tex > $outputfilename.tex latexmk $outputfilename
これによって
先頭に
--- bibliography: report.bib linkReferences: true ---
と書いたmarkdownを作ると、
bash makereport.sh [markdownファイル] [タイトル] [ファイル名]
で[ファイル名].pdfとしてコンパイルできる。
メモ
割と大変だった。他に楽にできる方法がないのか知りたい。
macのrstudioのrmarkdownでxelatexにより日本語対応のpdfを生成する
デフォのpdflatexは日本語非対応。
html -> pdfはできるがリンクなどが保持されない。
検索して見るとqiitaの記事がヒット
---
output:
pdf_document:
latex_engine: xelatex
header-includes:
- \usepackage{bookmark}
- \usepackage{xltxtra}
- \usepackage{zxjatype}
- \usepackage[ipa]{zxjafont}
---
こんな感じにヘッダーをかけばできるらしい。。。(xelatexはmactexに入っている。luatexよりコンパイルが早い。)
エラー
output file: test.knit.md You don't have permission to change the installation in any way, specifically, the directory /usr/local/texlive/2020/tlpkg/ is not writable. Please run this program as administrator, or contact your local admin. tlmgr: An error has occurred. See above messages. Exiting. tlmgr update --self fmtutil [ERROR]: format directory not writable: /usr/local/texlive/2020/texmf-var/web2c You don't have permission to change the installation in any way, specifically, the directory /usr/local/texlive/2020/tlpkg/ is not writable. Please run this program as administrator, or contact your local admin. tlmgr: An error has occurred. See above messages. Exiting.
同様の質問を発見。全てのパッケージをアップデートすると治るらしい
pineappleburger 25d Mea culpa... After reinstalling MacTex I forgot to update all packages, I did that just now and everything works fine now. It seems my MaxTex installation was somewhat corrupted, I guess?
Really, thanks a lot for your help and stay healthy! :heart:
アップデートして見る
brew upgrade
やっぱりVSCode使うことにした。やめる。
rstudioのrmarkdownでbibtexを用いて文献を論文風に引用する
やり方
refworks(など)でbibファイル作成
citrパッケージでbibファイルに記述された論文を引用。以下のリンクが詳しい。
と思ったがVScode使うことにしたのでRstudioはやめよう。
